Asal mula persisnya virus Marburg masih belum diketahui. Saat ini, diyakini bahwa penyakit yang menjadi penyebabnya adalah zoonosis, dipelihara oleh satu atau lebih hewan asli dari benua Afrika. Namun, penelitian yang dilakukan hingga saat ini belum memungkinkan untuk mengidentifikasi reservoir alami penyakit, meskipun banyak vertebrata dan artropoda telah dianalisis.
Menurut Organisasi Kesehatan Dunia, manusia bukan bagian dari siklus alami virus, sehingga penularan pada dasarnya akan datang dari kontak biasa dengan primata lain yang terinfeksi. Faktanya, penularan melalui beberapa spesies monyet telah didokumentasikan, mungkin bertindak sebagai "inang yang memperkuat" virus Marburg. Selain itu, beberapa bukti menunjukkan bahwa primata pada gilirannya dapat terinfeksi oleh paparan kelelawar .
