PH tinja biasanya netral atau sedikit basa (6, 8 - 7, 5). Kotoran yang lebih asam, secara fisiologis hanya pada bayi baru lahir, dapat mengindikasikan infeksi usus (Escherichia coli, Rotavirus) atau gangguan pencernaan, seperti laktosa atau intoleransi lemak (steatorrhea karena kekurangan pankreas atau stasis bilier).
Jika pH tinja cenderung meningkat dengan adanya dysbiosis putrefactive, ia cenderung turun dengan adanya dysbiosis fermentasi, yang penyebab asalnya ditemukan dalam konsumsi karbohidrat yang berlebihan atau dalam penyerapan buruk yang sama (penyakit seliaka) . Bahkan dengan adanya asupan lipid yang berlimpah, dalam diet vegetarian dan puasa yang berkepanjangan, pH feses menjadi asam.
Untuk menghindari distorsi hasil pemeriksaan, tinja tidak boleh terkontaminasi dengan urin dan harus didinginkan dengan cepat untuk mencegah amonia urin dan bakteri pembusuk dari membuat pH basa fasa.