Meskipun hari ini mungkin tampak jelas itu sudah jelas, karena ribuan tahun manusia telah mengabaikan fakta bahwa organisme mikroskopis menyebabkan penyakit tertentu.
Sampai tahun 1600, apa yang disebut teori generasi spontan dianggap sah, yang dengannya beberapa organisme dapat secara spontan dihasilkan dari benda mati. Contoh klasiknya adalah larva, yang diyakini dapat dihasilkan dari ketiadaan dalam sepotong daging yang membusuk.
Yang pertama membantah teori ini adalah Francesco Redi, dokter pribadi untuk Grand Duke of Tuscany. Redi menaruh dua potong daging segar dalam dua wadah terpisah, meninggalkan yang pertama terbuka dan melindungi yang kedua dari lalat dengan retina. Setelah beberapa hari ia memperhatikan bahwa hanya wadah terbuka yang dirayapi dengan larva. Karena itu, Redi menunjukkan bahwa larva tidak dihasilkan dari apa-apa melainkan berasal dari telur yang diletakkan oleh lalat.
Keberadaan mikroorganisme mulai berbicara hanya pada abad kedelapan belas, berkat studi-studi tentang Modenese Lazzaro Spallanzani, yang pertama kali menciptakan dan memperkenalkan dalam literatur medis istilah "kuman". Namun, penemuan bakteri ini dikaitkan dengan Antony Leeuwenhoek (1632-1723), seorang pedagang tekstil dengan hasrat untuk mikroskop.
Leeuwenhoek mengamati bagaimana, setelah menggosok giginya, "makhluk hidup" hadir dalam endapan karang. Penemuan ini dimungkinkan oleh optimalisasi mikroskop optik, yang telah dibangun oleh Leeuwenhoek sendiri, dan yang selanjutnya ditingkatkan lebih lanjut.
Munculnya mikroskop modern, bagaimanapun, membuka pertanyaan baru tentang teori generasi spontan. Dari pengamatan pertama, pada kenyataannya, tampak bahwa paparan sederhana terhadap udara suatu zat organik menyebabkan dalam waktu singkat perkembangan kuman di permukaannya.
Ahli biologi Prancis Louis Pasteur mengintervensi untuk menyangkal hipotesis generasi mikroba spontan. Pasteur direbus beberapa kaldu dalam termos kaca berleher panjang, dilengkapi dengan paruh berbentuk S khusus untuk mencegah debu (dan bakteri di dalamnya) masuk. Pasteur mengamati bahwa, berkat alat-alat ini, tidak ada bakteri yang dihasilkan dalam kaldu dan karenanya, kuman tidak dihasilkan secara spontan.
