Bakteri juga memiliki musuh alami mereka dan sangat sering menyerah pada serangan musuh yang jauh lebih kecil daripada mereka, begitu mikroskopis dan sederhana sehingga mereka bahkan tidak dapat dianggap sebagai organisme hidup. Kita berbicara tentang beberapa virus, yang disebut bacteriophage, yang mengeksploitasi sel bakteri untuk menggandakan diri. Virus, pada kenyataannya, tidak seperti bakteri, tidak dapat dianggap sebagai organisme hidup, karena tidak dapat mereplikasi dirinya sendiri; dikatakan dalam pengertian ini bahwa virus adalah parasit obligat, justru karena mereka harus mengeksploitasi sel lain untuk bereproduksi.
Ketika sel yang dieksploitasi adalah manusia, virus menciptakan kerusakan tertentu pada organisme; namun, ketika sel bakteri patogen dieksploitasi untuk manusia, bakteriofag dapat menjadi sekutu kesehatan kita; dan bisa menjadi lebih dari itu di masa depan, mengingat masalah resistensi obat yang semakin meningkat dan konsekuensinya ketidakpekaan bakteri terhadap antibiotik.
"Obat alami" ini juga sangat murah, karena fag adalah entitas biologis terbesar di Bumi. Mereka juga sangat spesifik, mengingat bahwa masing-masing bakteriofag bertindak dengan cara yang ditentukan pada spesies bakteri atau bahkan terhadap strain tertentu; oleh karena itu, campuran fag yang digunakan untuk mengobati penyakit harus sangat spesifik untuk masing-masing pasien, semacam koktail yang dikalibrasi dengan hati-hati setelah memahami bakteri mana yang menyebabkan infeksi. Pendekatan hiper-selektif ini memperumit penggunaan terapeutik bakteriofag di satu sisi, tetapi di sisi lain itu menghindari pembunuhan bakteri baik, yang merupakan efek samping umum dari terapi antibiotik spektrum luas tradisional. Oleh karena itu, aksi fag tidak menghancurkan mikroflora komensal usus dan dengan demikian menghindari munculnya efek samping seperti diare dan infeksi sekunder oportunistik.
Penggunaan terapeutik bakteriofag dikembangkan selama paruh pertama abad terakhir di bekas Uni Soviet, terutama di Georgia berkat penelitian oleh George Eliava. Di Barat, minat ilmiah dalam terapi fag diredam oleh munculnya antibiotik, tetapi baru-baru ini mendapatkan kembali kekuatan justru karena minat baru dalam terapi alternatif. FDA, misalnya, telah menyetujui penambahan fag spesifik untuk Salmonella dan Escherichia Coli dalam berbagai produk makanan. Dalam budidaya ikan, fag sudah digunakan hari ini sebagai alternatif yang valid untuk penggunaan antibiotik.
Selain bakteriofag di toto, senjata yang digunakan virus ini untuk memenangkan pertahanan bakteri, misalnya lisin yang mampu menembus dinding bakteri juga dapat digunakan. Lebih jauh, teknik rekayasa genetika telah menciptakan "super fage", yang mampu menyerang dan membunuh lebih banyak spesies bakteri.
Mengenai bahaya kesehatan, jika terapi seimbang, ini hampir tidak ada. Organisme manusia, pada kenyataannya, terutama digunakan untuk harus berurusan dengan fag, yang ditemukan di mana-mana, dalam segala hal yang kita sentuh, makan atau minum. Lebih jauh, perluasan fag dalam organisme manusia tergantung pada luasnya populasi bakteri yang menular: karena fag berkurang karena efek fag itu sendiri, virus juga menurunkan konsentrasi mereka. Ini, antara lain, berarti bahwa begitu satu dosis fag disuntikkan ke dalam tubuh, virus-virus ini dengan cepat berkembang dan meningkatkan efektivitas bakterisidalnya dari waktu ke waktu (berbeda dengan antibiotik yang memerlukan dosis penguat). Tidak hanya itu, fakta bahwa fag membunuh fragmen sel penghasil sel bakteri membuat aksinya membawa sistem kekebalan manusia untuk diaktifkan dengan intensitas yang lebih besar; hanya berpikir, misalnya, tentang fragmen LPS (lipopolysaccharide) yang berasal dari dinding bakteri yang terdegradasi.
Bahaya kesehatan potensial termasuk kemungkinan adanya racun bakteri dalam persiapan fag dan transfer gen bakteri antara galur yang ganas. Pada kenyataannya, kita tahu bahwa fag bertanggung jawab atas sebagian besar penyakit yang terkait dengan racun; ini karena fag bereplikasi dalam sel bakteri untuk menghasilkan dan / atau melepaskan racun yang menyebabkan gejala khas banyak penyakit; misalnya, pertusis, demam berdarah, dan kolera. Lebih jauh, lisis beberapa spesies bakteri dapat menyebabkan pelepasan endotoksin dalam jumlah besar yang, melampaui batas tertentu, berubah dari menstimulasi sistem kekebalan tubuh menjadi mengaktifkannya secara berlebihan, hingga menimbulkan syok toksik karena peningkatan besar dalam produksi sitokin inflamasi. Rintangan ini dapat diatasi melalui teknik rekayasa genetika, dengan tujuan menghilangkan bakteriofag gen yang diperlukan untuk sintesis lisin; ini juga membatasi replikasi fag, karena tanpa lisin virus yang direplikasi di dalam sel bakteri tidak bisa lepas. Masalah kedua, di sisi lain, diselesaikan dengan menghindari penggunaan fag siklus lisogenik, karena ini, seperti yang disebutkan, dapat mendukung masalah resistensi antibiotik daripada menyelesaikannya.
