Pemeriksaan kesehatan yang ditetapkan untuk flu burung oleh unit-unit yang kompeten tidak hanya terkait dengan dampak ekonomi yang berasal dari kematian hewan, tetapi juga menimbulkan kekhawatiran khusus terhadap kesehatan masyarakat . Apa yang paling dikhawatirkan para ahli adalah bahwa subtipe virus baru dapat menyebabkan penyakit pada manusia dan, terutama, ditularkan dari orang ke orang. Virus influenza milik tipe A, pada kenyataannya, mengalami fenomena reassortment genetik dengan frekuensi tinggi; ini memungkinkan kapasitas adaptasi yang luar biasa untuk tamu baru dan menentukan penampilan terus-menerus dari strain virus baru . Mutasi ini dapat terjadi, misalnya, ketika virus manusia dan virus unggas "menukar" warisan genetik mereka atau ketika virus berpindah dari satu spesies hewan ke spesies lain (perjalanan dari burung ke babi sangat berbahaya). Karena itu, ada kemungkinan bahwa dari tangki hewan dapat berasal virus baru yang membuat manusia rentan (seperti yang terjadi pada abad terakhir, misalnya, dengan Spanyol dari virus A-H1N1 tahun 1919 atau orang Asia dari A-H2N2 tahun 1957).
Penularan antar manusia akhirnya akan memungkinkan penyakit ini menyebar secara global, sehingga menyebabkan pandemi flu burung . Saat ini, virus dengan potensi pandemi tertinggi tetap H5N1 dan H7N9 karena terus beredar di antara ayam dan dapat menyebabkan penyakit parah pada manusia. Subtipe virus lain dapat memicu pandemi, tetapi risikonya dianggap lebih rendah.
