Selain langkah-langkah perlindungan individu dan kontrol lingkungan pembawa, ensefalitis Jepang dapat dicegah dengan vaksinasi.
Vaksin Ixiaro, sudah disetujui oleh FDA (Food and Drug Administration) di Amerika Serikat dan disahkan oleh EMEA (European Medicines Agency), diberikan secara intramuskuler di daerah deltoid (lengan atas), dalam 2 dosis, dosis kedua yang diinokulasi 4 minggu setelah yang pertama. Untuk imunisasi aktif yang baik, kursus vaksinasi harus diselesaikan setidaknya satu minggu sebelum kemungkinan kontak dengan virus Japanese ensefalitis.
Vaksin ensefalitis Jepang direkomendasikan untuk pelancong yang tinggal di luar untuk waktu yang lama di daerah endemis, selama musim di mana kemungkinan penularan infeksi; Namun, tidak diindikasikan untuk individu di bawah usia 18 tahun, selama kehamilan dan saat menyusui.
